2012年12月24日，西南院2012年版《管理制度汇编》正式印发执行。这是该院近8年来第3次对业务流程进行全面梳理取得的管理成果。标志着该院制度体系为进一步规范经营行为，防范经营风险，实现管理职能合理配置奠定了更坚实的基础。
西南院2012年版管理制度涵盖了行政、人事、财务、科研、生产和经营等10个分类、122项管理制度，其中新增22项、修订97项。
主要针对在管理变革过程中发现的问题进行不断完善和提高，对业务调整后的制度进行补充完善，重点强化了科研、生产、商务、采购管理及信息化建设等方面的制度建设，突出了重点环节、关键节点的工作职责。在流程的梳理中还将协同办公系统操作流程与管理制度合并执行，增强了管理制度的可操作性和执行效率。同时，还加强了经济运行中的执行、监督和考核，形成了经济运行、条件保障、监督管理的制度体系。
该院在加强制度建设的同时，进一步强化了制度执行力和跟踪考核，基本形成了了有章可循、按章办事、规范运行的管理机制。
另悉，西南院结合发展实际，坚持不懈抓好制度体系建设，通过印发执行2004年版、2009年版和2012年版管理制度汇编，不断完善了业务流程疏理，基本形成了操作性强、针对性强、科学规范的管理体系，有效提高了管理效率。